Omik Bilimleri

Omik Bilimleri

Bu yazıda omik teknolojileri türlerinden ve kısaca tanımlarından bahsedeceğiz. Buradaki her bir omik ya da om başlığı ayrı başlıklar altında incelenebilinir. Eğer siz herhangi bir omik dalı ile ilgiliyseniz, araştırma yapıyorsanız bize yazı gönderebilirsiniz. Bizlerle bilgilerinizi paylaşacağınızı umuyoruz 🙂

Genel Tanım

Genom ve genomik terimlerine benzetilerek bir organizmadaki biyolojik moleküllerin setlerine kendi isimlerinin sonuna –om ya da –omik son eki gelerek gruplandırılır. Örnek vererek açıklayacak olursak:

Gen: Organizmada bir fonksiyonu olan bir polipeptidi kodlayan DNA zincirine denir. Diğer bir tanımla gen, protein veya RNA molekülü gibi özel bir işlev taşıyan kromozomların belli bir noktasındaki nükleotid dizilerinden oluşur .
Genom: Bir organizmada bulunan genlerin toplamı, tamamına genom denir.
Genomik: Belli bir organizmada bulunan genlerin toplamını (genomu) incelemek için kullanılan yöntemler.

Şimdi alfabetik sırada omiklerin tanımından bahsedelim daha sonra sınıflandıralım.

Araştırom (Researchsome): Bir kişinin ya da bölümün araştırma alanları (2011 çıkışlı bir terim).

Ekspozom, bir bireyin hayatı boyunca maruz kaldığı etkenler ile bu etkenlerin sağlık ile ilişkisinin arandığı araştırma dalıdır.
Ekspozomik ise ekspozomların çalışılması ve iç ve dış etken ajanları değerlendirme, analiz etme yöntemlerinin uygulandığı bir omik dalı.

Ekzom: Genomun bir parçasıdır. Genlerin ekspresyona uğrayan bölgelerin (ekzonların) toplamıdır.

Epigenomik: Bir hücredeki genetik materyalin üzerinde gerçekleşen epigenetik modifikasyonlarının tamamının çalışıldığı omik dalı.

Farmakogenomik: Genetik varyasyonlarının ilaç cevabı üzerindeki etkisinin incelendiği omik dalı. Bu daldaki gelişmeler kişisel tıbbın önüne açacağa benziyor.
Farmakomikrobiyomik: İnsan mikrobiyomundaki genetik varyasyonların ilaç cevabı üzerindeki etkisi.

Genom: Bir organizmanın kalıtımsal bilgisinin tamamına genom denir.
Genomik: Bir organizmanın genomlarının çalışıldığı omik dalı. DNA dizileme ve gen haritalama uğraş alanları arasındadır. Bakteriyofaj, Siyanobakteri genomikleri ve insan genomiği gibi temel araştırma alanlarına ayrılmıştır.

Kaynaklarda genomik ikiye ayrılmıştır: Yapısal genomik, işlevsel genomik

Yapısal genomik: Genetik ve fiziksel haritalama ve DNA baz dizilerinin belirlenmesi yöntemleriyle organizmaların genetik bilgilerinin ortaya çıkarılmasını sağlar.
İşlevsel genomik: Amaç genlerin ekspresyonunu biçim, miktar ve zaman açısından genom düzeyinde inceleyerek genlerin fonksiyonlarının öğrenilmesinin yanında organizma açısından öneminin anlaşılmasına da yardımcı olmaktadır (Başaran vd., 2010).

Glikom: Bir organizmadaki basit ya da kompleks halde bulunan şeker moleküllerinin tamamına denir. Bunların genetik, fizyolojik, patolojik ve diğer özelliklerinin araştırılmasına glikomik denir.

İmmünomik: Genom ölçekli yaklaşımlarla immün sisteminin düzenlenmesinin ve patojenlere olan cevabın çalışıldığı omik dalı (immünoloji < immünogenetik < immünogenom).
İmmünoproteomik: İmmün cevapta rol alan proteinlerin tamamının incelendiği omik dalıdır.

İnteraktom: Bir hücredeki moleküler etkileşimlerinin tümüne denir. İnteraktomiks terimi yerine Sistem Biyolojisi kullanılır.

İyonomik (ionomics): Bir organizmadaki inorganik biyomoleküllerinin tamamına iyonom, bunların çeşitli özelliklerinin çalışılmasına iyonomik denir.

Konnektom (connectome): Beyindeki sinirsel bağların detaylı haritalarıdır. Ulusal sağlık enstitüsü (NIH) tarafından 2009 yılında insan konnektom projesi başlatılmıştır.

Lipidom: Bir hücredeki lipitlerin tamamına denir.

Mekanom: Canlıların biyolojik işlevlerinde gösterdikleri fiziksel-mekanik proseslerin incelendiği bir dal. Biyomekanik bilim dalının uğraş alanlarından birisidir.
Diğer bir tanım ile mekanom, dokularda, hücrelerde, moleküllerde oluşan gerilim hallerini, kuvvetlerin dağılımından kaynaklanan biyolojik durumları, bu gerilim kuvvetleri ile temel biyolojik süreçleri arasındaki ilişkiyi anlamaya çalışmadır. Mekanomik ise kuvvetlerin nasıl aktarıldığını ve bunların biyolojik işlevlere nasıl etki ettiğini çalışmaktır.

Metagenomik birden fazla genomik olduğu anlamına gelmektedir. Metagenom, çevresel örneklerde bulunan genetik materyallerin tümüdür; çevrede bulunan birçok (mikrobiyal) organizmanın genomlarından oluşur. Metagenomik ayrıca çevresel genomik ve ekogenomik olarak da adlandırılmaktadır. Shotgun Sanger dizileme ve pirosekanslama gibi büyük miktarda DNA analizleri yapılan teknikler kullanılmaktadır. Bir de bunun transkriptomik modeli var: Metatranskriptomik.

Metallom: Hücre organellerinin her birindeki serbest metal iyonlarının tümüne denir. Metallomik ise bir hücre ya da doku çeşidinde tüm metal ve metaloit türlerin detaylı analizi şekilde tanımlanmıştır.
Metalloma alternatif bir tanım ise şöyledir: Metaloproteinler ya da metal içeren biyomoleküllerin tamamı.

Nutrigenomik: İnsan genomu ile besin ve sağlık arasındaki ilişkinin incelendiği bilim dalı.
Diğer bir tanım ile besinlerin ve besin bileşenlerinin gen ekspresyon üzerine etkisinin incelendiği omik dalı.

Nütriproteomik: Besin proteinler ile olan ilişkisini inceler. Etkileşim üç şekilde olur:
– Besinlerin protein sentezi ve salgılanması üzerine etkisi
– Besinlerin proteinler ile ilişkisi (küçük molekül-protein)
– Protein-protein ilişkilerinin besinler ile düzenlenmesi

ORFom: Genomdaki açık okuma çerçevelerinin (ORF: Open Reading Frame) toplamıdır.
ORF’ler GENSCAN gibi bilgisayar programları ile araştırılabilir.

Proteom: Belli bir zaman ve mekânda bir organizmanın sahip olduğu ve ifade ettiği tüm farklı proteinlerin bir toplamıdır.
Proteomik: Belli bir zamanda belli bir yerde bulunan tüm proteinlerin yapılarını, yerleşimlerini, miktarlarını, translasyon sonrası modifikasyonlarını, doku ve hücrelerdeki işlevlerini, diğer proteinlerle ve makro moleküllerle olan etkileşimini aydınlatır (Başaran vd., 2010). Bu teknikte kütle spektrometresi teknikleri kullanılır.

Bazı proteomik türleri: İmmünoproteomik, nütriproteomik, proteogenomik, yapısal proteomik, kinom, sekretom.

Proteogenomik: Bir çeşit tersine mühendislik. Peptitlerden yola çıkarak 6 ihtimal okuma çerçevisinin araştırıldığı omik türü. Bu omik türünde gen anotasyonu yanında N-terminal metiyonin çıkarılması, sinyal peptitleri, proteoliz ve diğer translasyonel sonrası modifikasyonlar da incelenir.

Kinomik: Bir organizmanın kinomunun (protein kinazlar) çalışıldığı omik dalı.
http://en.wikipedia.org/wiki/Kinome
Sekretom: Hücreden salgınan proteinlerin tümü.

Psikogenomik (Davranışsal genomik): Hayvanlardaki veya insanlardaki davranışlar üzerine genetiğin etkisinin araştırıldığı omik dalı.

Regulom: Bir hücredeki düzenleyici bileşenlerin tamamına denir. Bu bileşenler düzenleyici elementler, genler, mRNA, proteinler ve metabolitler olabilir.

Sitom (Sito: Hücre), fizyolojik şartlarda bir organizmanın hücresinde gerçekleşen kompleks ve dinamik hücresel proseslerin toplamıdır. Sitom bu prosesler hakkında hem yapısal hem işlevsel bilgi verir. Sitomun açıkladığı şey ise bir organizmadaki hücresel farklılıkların yapısal ve işlevsel bilgileridir. http://en.wikipedia.org/wiki/Cytome

Sitomik ise bir hücredeki sistemlerin çalışılmasıdır. Hücrelerdeki moleküler yapıları ve işlemleri anlamak için biyoinformatik bilgilerden yararlanılır. Kısacası bir hücrenin A’sından Z’sine her şeyinin incelendiği büyük bir omik dalıdır. Sitomik çalışmalarında veri kazanımı için kullanılan teknikler başında hücre içini görüntüleyebilecek çeşitli moleküler ve mikroskopik teknikler (Ör: floresans mikroskopu, akış sitometrisi vs.) vardır.

Toksikogenomik: Toksik maddelere karşı bir hücre ya da dokudaki gen ve protein aktivitelerinin incelendiği omik dalı.

Transkriptom: Bir hücrede üretilen mRNA, rRNA, tRNA ve kodlama yapmayan RNA (non-coding RNA) moleküllerini içeren tüm RNA moleküllerinin toplamına denir. http://en.wikipedia.org/wiki/Transcriptome
Transkriptomik: Belli bir organizmada bulunan transkriptlerin toplamını incelemek için kullanılan yöntemlerin tümüdür.

Zarom (Membranome): Bir organizmanın sahip olduğu biyolojik zarların tümüne denilir. Zar üzerindeki proteinlerin ya da lipitlerin çalışılması zar proteomiği ya da zar lipidomiği diye adlandırılabilir.

Sınıflandırma

Açıkçası omiklerin birbirleri ile çok kesişim kümesi oluşturmasından belli başlıklar altında sınıflandırmasında zorlandık. Bir sınıflandırma çabası örneği:

GENOMİK
Ekzomik, Epigenomik, Farmakogenomik, Metagenomik, ORFomik, Psikogenomik, Transkriptomik,

PROTEOMİK
Proteogenomik, Sekretomik, Kinomik,

METABOLOMİK
İyonomik, Lipidomik, Metallomik, Glikomik, Metabonomik

Kaynaklar

Lütfen Login yada Register gizli linkleri görebilmek için

Rıdvan

Yıldız Teknik Üniversitesi'nde Doktora yapmakta.

Omik Bilimleri” için bir yorum

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir