Ligasyon ve DNA ligaz

DNA ligaz iki DNA molekülünü uç uca birleştiren özel bir ligaz tipidir. DNA ligaz DNA tamiri, DNA ikileşmesinde rol oynar. Ayrıca, ökaryotlarda mayoz bölünmedeki krosoverde ve memelilerde, bağışıklık sisteminin çeşitliliğini sağlayan rekombinasyon süreçlerinde rol oynarlar. DNA ligazlar, laboratuvarda rekombinant DNA dizileri oluşturmak için vazgeçilmez birer araç haline gelmişlerdir. Örneğin restriksiyon enzimleri ile elde edilen DNA parçalarının bir plazmit içine yerleştirilebilmesi için DNA ligazlar kullanılır. Uçları birleştirilen DNA moleküllerinin uçları “yapışkan” veya küt olabilir.

•Moleküler biyolojide DNA ligaz iki DNA molekülünü uç uca birleştiren özel bir ligaz tipidir. DNA ligaz kırıkların tamirinden de sorumludur.

•Genetik mühendisliği çalışmalarında kullanılan DNA ligazlar, ya normal E.coli bakterilerinden ya da T4 bakteriyofajı ile enfekte edilmiş E.coli bakterilerinden izole edilirler.

•Bağlama veya ligasyon, rekombinant DNA teknolojisinde klonlanacak geni taşıyan DNA parçaları ile vektörün bir enzim aracığılıyla birbirlerine bağlanması işlemine denir. Bu işlem için ligaz cinsi enzimler görev yapar.

•Yapışkan uçların ligasyon etkinliği küt uçlara göre oldukça yüksektir. Bu nedenle klonlama çalışmalarında genellikle yapışkan uçlar tercih edilmektedirler. • •Vektör/insert DNA oranları konsantrasyonları optimum derecede seçilmelidir. Eğer uygun oranlarla çalışılmazsa ligasyon etkinliği düşebilmektedir. •1:1, 1:5, 1:10 şeklindeki vektör/insert DNA oranları tercih edilmektedir.

ATP veya NAD kofaktörlerinin fosfat bağının kesilmesi ile reaksiyon için gerekli enerji elde edilir. Arta kalan AMP molekülü enzimde bulunan bir lizin kalıntısı tarafından bağlanır. Birleştirilecek DNA molekülünün 5′ ucundaki fosfat, lizine bağlı AMP’deki 5′ fosfata saldırarak, AMP’yi DNA’ya bağlayan bir pirofosfat bağı oluşturur. Nihayet, kopuk DNA zincirinin 3′-OH grubu, 5′ uçtaki pirofosfat grubuna saldırarak AMP’nin serbest bırakılmasına ve DNA zincir uçlarının birleşmesine neden olur. DNA ligaz bir DNA zincirinin 3’-OH ucunu diğer DNA zincirinin 5’-fosfat ucuna fosfodiester bağı ile bağlar.

Kaynaklar:
1- http://tr.wikipedia.org/wiki/dna_ligaz
2-http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/MolStudents/spring2003/Weber/ligation.html

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir

Göztepe Escort