Gündem Haberleri

Spesifik DNA dizilerin analizinde yeni bir yaklaşım

Hastalık oluşturan patojenlerin ve genetik hastalıkların tanımlanmasında özel DNA dizilerinin teşhis edilmesi gereklidir. Günümüz teknolojisi ile özel DNA dizilerinin teşhisi polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltma, flöresan ya da enzimatik işaretleme ve pahalı cihazlar kullanılarak yapılmaktadır.

Araştırmacılar DNA molekülünün boyutunu arttırmada mikron boyutlu parçacıklar kullandılar. Bunu, mikron boyutlu parçacıkların (polistiren parçacıklar) yüksüz peptit nükleik asit ile konjugasyonuyla sağladılar.

Teşhis edilecek özel DNA dizileri ile konjuge mikro parçacıklar, negatif yük kazanırlar ve elektroforetik olarak hareket edebilir hale gelirler. Bir elektrik alanın uygulanması ile bu parçacıklar pipet ucuna doğru hareket etmeye başlarlar. Pipetin ucu parçacıktan daha küçük olduğundan pipet ucunda parçacıklar yığılır ve bu yığın elektriksel olarak kolayca ölçülebilir. Komplementer olmayan bir DNA ile etkileşim olduğunda, hatta bunun seviyesi tek baz değişikliği bile olsa kalıcı pipet ucu tıkanmalar gözlenmez. Bu da bu yöntemin çok yüksek hassasiyette çok kolay bir şekilde özel DNA dizilerinin teşhisine izin verir.

Yöntemin Önemi

Bu teknoloji ile DNA çoğaltılmasında kullanılan DNA’nın amplifikasyonu ve analizinde kullanılan ek malzemeler ve cihazlar olmadan kolayca bir şekilde DNA’yı teşhis yapabilmek mümkün olacak.
Bu cihazlar, genetik hastalıkların taranmasında, gıdalarda GDO taranmasında, adlı tıpta ve diğer birçok alanda kullanım alanı bulabilecek.

Kaynak: http://insciences.org/article.php?article_id=10974

http://newsroom.ucla.edu/portal/ucla/ucla-engineering-researchers-develop-239095.aspx

Makale: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja3059205

Yüzlerce biyokimyasal analiz tek bir cihazda

Hücrelerimizde aynı anda birçok molekül birbirleri ile etkileşim içerisindedir. Canlı organizmalardaki temel mekanizmaların anlaşılmasında bu moleküller arasındaki etkileşimlerin nasıl gerçekleştiğini bilmek çok önemlidir. Günümüzde DNA zinciri ile transkripsiyon faktörleri arasında etkileşim derecesinin ölçüldüğü birden fazla alet vardır. Bu aletler ile iki molekül arasındaki afinite kuvveti hakkında bilgi edinebiliyoruz. Lakin bu ticari ürünlerin birkaç negatif özelliği var: Bir deneye başlamadan önce birçok ön hazırlık aşaması yapılmak zorunda ve bir deney ile ancak sınırlı sayıda etkileşime odaklanabilinmekte.

Sebastian Maerkl, Caltech’de doktora yaparken geliştirdiği pnömatik pompalarla donatılmış yüzlerce mikroakışkan kanallar içeren küçük bir cihazın yeni bir versiyonunu geliştirdi. Yeni geliştirilen bu cihazın, her birinde bir valf bulunan 768 odası bulunuyor. Bu odalarda DNA ve transkripsiyon faktörlerinin kontrollü bir şekilde birbirleri ile etkileşimine izin veriliyor. Geleneksel yöntemlerle etkileşimin olup olmadığı belirlenip sonra deney başka bir gen ya da transkripsiyon faktörü ile tekrar gerçekleştiriliyor. Lakin bu cihaz ile etkileşiminin kinetiğinin ve afinitesinin bile gözlemlenmesi çok kolay.

Proteinler artık in vitro üretilebilecek

Protein ile DNA arasındaki etkileşimin kinetiğini ve afinitesini ölçmek için flöresans moleküllerden büyük yardım alınıyor. Bu cihazın bir diğer önemli özelliği ise proteinlerin in vitro sentezine imkan vermesi. Geleneksel yöntemlerle karşılaştırıldığında bu yöntem zamandan büyük kazanç sağlıyor, saflaştırma masraflarının düşürüyor ve bir canlıya gen aktarılmasına ihtiyaç duyulmuyor.

Kaynak: http://insciences.org/article.php?article_id=10954

Makale: http://www.pnas.org/content/early/2012/09/17/1206011109.abstract

Rıdvan

Yıldız Teknik Üniversitesi’nde Doktora yapmakta.

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir

Göztepe Escort