Genlerden Genomlara (DNA Teknolojisinin Uygulamaları ve Kavramları)

Sitemizde yayınlanacak bu kitap 2002 yılında yayımlanmıştır.
Kitap içeriği: 
1. GİRİŞ

2. TEMEL MOLEKÜLER BİYOLOJİ

Nükleik Asit Yapısı (DNA zinciri, Baz çiftleri, RNA yapısı, Nükleik asit sentezi, Kıvrılma ve süper kıvrılma (supercoiling))
Gen Yapısı ve Organizasyonu (Operonlar, Ekzon ve intronlar)
Bilgi Akışı: Gen Ekspresyonu (Transkripsiyon ve Translasyon)

3. GEN KLONLAMA

Klonlama Nedir?
Prosedürlere Genel Bir Bakış
Gen Kütüphaneleri
Melezleme (Hibridizasyon)
Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR ya da PCR)

4. NÜKLEİK ASİTLERİN SAFLAŞTIRILMASI ve AYRIŞTIRILMASI

‘Nükleik Asitlerin Ekstraksiyonu ve Saflaştırılması’ başlığı altında
Hücrelerin ve dokuların parçalanması
Enzim ile muamele
Fenol-kloroform ekstraksiyonu
Alkol ile çöktürme
Gradient santrifüj
Alkalin denatürasyonu
ve Kolon ile saflaştırma
‘Nükleik Asitlerin Tespiti (Detection) ve Miktar Tayini (Kantitatif Analiz)’
‘Analitik ve Preparatif Jel Elektroforezi’
5. DNA KESME ve BİRLEŞTİRME
Restriksiyon Endonükleazlar
Ligasyon
Alkalin Fosfat
Çift Kesim (Double Digests)
Restriksiyon Parça Sonlarının Modifikasyonları (Uçlardan kesme (trimming) ve doldurma, bağlayıcı ve tamamlayıcı, homopolimer kuyruk)
DNA Molekülleri ile Diğer Birleşme Yolları (DNA topoizomerazlar, vd.)
Özet

6. VEKTÖRLER

Plazmit Vektörler (Özellikleri ve Transformasyonu)
Lambda Bakteriofaj Tabanlı Vektörler (Lambda biyolojisi, In vitro paketleme, Ekleme vektörü,  Değiştirme vektörü)
Kozmitler
M13 Vektörleri
İfade Vektörleri
Ökaryot Hücrelerde Klonlama ve İfade Edilmesi için Kullanılan Vektörler (Mayalar ve Memeli Hücreler)
Süpervektörler: YAClar (Maya yapay vektörleri) ve BAClar (Bakteri Yapay Vektörleri)
Özet

7. GENOMİK ve cDNA KÜTÜPHANELERİ

Genomik Kütüphaneler (Kısmi kesim (digest), Vektör seçimi, Genomik kütüphanenin oluşturulması ve geliştirilmesi)
cDNA Kütüphaneleri (mRNA izolasyonu, cDNA sentezi, Bakteriyel cDNA)
Rastgele, Dizili ve Sıralı Kütüphaneler

8. DOĞRU KLONU BULMA

Gen Probları ile Kütüphaneleri Tarama (Melezleme, Etiketleyici Problar, Melezleme çalışmalarında adımlar, Prosedür tarama, Prop seçme)
Antikorlar ile İfade Kütüphanelerini Tarama
Tekrar Tarama
subcloning
Plazmit Klonların Karakterizasyonu (R.E. kesimi ve agaroz jel elektroforezi, southern blotlama, PZR (PCR) ve dizi analizi)

9. POLİMERAZ ZİNCİR REAKSİYONU (PZR ya da PCR)

Reaksiyon
Uygulamalarda PZR (Reaksiyonun optimizasyonu, PZR ürünlerinin analizi)
Klonlama PZR Ürünleri
Uzun-vadeli PZR
Ters-transkripsiyon PZR
cDNA Sonlarının Hızlı Amplifikasyonu (RACE)
PZR Uygulamaları (PZR klonlama stratejileri, Nadir olayları ve rekombinant klonların analizi, Teşhise yönelik uygulamalar)

10. DNA DİZİLEME

DNA Dizilemenin İlkeleri
Otomatik Dizileme
Diziyi Uzatma
Shotgun Dizileme
Genom Dizileme

11. DİZİN BİLGİSİNİN ANALİZİ

‘Analiz ve Anotasyon’ başlığı altında
Açık okuma çerçeveleri (ORF)
Ekzon/intron sınırları
Genlerin fonksiyonlarının ve ürünlerinin tanımlanması
İfade işaretleri
Nükleik asit dizilerine ait diğer özellikler
Protein yapısı
ve protein motifleri ve domainleri
‘Bilgi Bankaları’
‘Dizi Karşılaştırma’ başlığı altında
DNA dizileri
Protein dizi karşılaştırmaları
Dizi dizileme (hizalama): CLUSTAL

12. GENETİK ÇEŞİTLİLİKLERİN (Varyasyonların) ANALİZİ

Genetik Farklılıkların Doğası (Tek nükleotit polimorfizmleri, Büyük ölçekli farklılıklar,Korunmuş ve değişken domainler)
‘Çeşitlilik Çalışma Metotları’ başlığı altında
Genomik Southern blot analizi – Restriksiyon parça uzunluk polimorfizmleri (RFLPs)
PZR tabanlı metotlar
ve genom geniş karşılaştırmalar

13. GEN İFADESİ ANALİZİ

‘Transkripsiyon Analizi’ başlığı altında
Northern blot
RNaz koruma arrayi
Ters transkripsiyon PZR
In situ melezleme
Primer uzatma arrayi
‘Transkriptomların Karşılaştırılması’ başlığı altında
Diferansiyel tarama
Substractive melezleme
Diferansiyel gösterim
Array tabanlı metotlar
‘Promotorların Çalışılmasındaki Metotlar’ başlığı altında
Haberci (reporter) genler
Promotorların yerlerini saptamak
Düzenleyici RNA elementlerini çalışmak için haberci genlerin kullanılması
‘Translasyonel Analiz’ başlığı altında
Western blotlama
İmmünositokimya ve immünohistokimya
İki boyutlu elektroforez
Proteomik

14. GEN İŞLEVİNİN ANALİZİ

İlgili Genler ve Fonksiyonları
Genetik Haritalar
İlgili Genetik ve Fiziksel Haritalar
Bağlantı Analizleri
Transpozon Mutajenezi
Gen Knock-out ları ve allel değişimleri
Tamamlama
Protein Etkileşimlerinden Gen İşlevi Çalışma (İki-hibrit tarama, faz gösterim kütüphaneleri)

15. GEN İFADESİNİN MANİPÜLASYONU

Klonlanmış Genlerin İfadesini Etkileyen Unsurlar
Klonlanmış Genlerin Bakterilerde İfadesi:
(Transkripsiyonel birleşme, Kararlılık: Şartlı İfade, Ölümcül genlerin ifadesi, Translasyonel birleşmeler )
Ökaryotik Konak Hücrelerde İfade:
(Maya ifade sistemleri, Böcek hücrelerinde ifade: Bakulovirüs sistemleri, Memeli hücrelerde ifade)
Etiket ve İşaret Ekleme (Etiket proteinleri, Salgılama işaretleri)
In vitro Mutajenez (Yer hedefli mutajenez, sentetik genler, Assembly PZR, Protein Mühendisliği)

16. TIBBİ UYGULAMALAR, ŞİMDİ ve GELECEK

Aşılar (Alt ünite aşılar, canlı zayıflatılmış aşılar, canlı rekombinant aşılar, DNA aşılar)
Patojenlerin Belirlenmesi ve  Tanınması
İnsan Genetik Bozukluklar ( Hastalık yapıcı genlerin tanımlanması, Genetik teşhis, Gen tedavisi)

17. TRANSGENİKLER

Transgen Oluşturma ve Klonlama
Hayvan Transgen Oluşturma ve Uygulama Alanları:
(Transgenlerin ifadesi, Embriyonik kök hücre teknolojisi, Gen knock-outs, Transgenik hayvanların uygulamaları)
Transgenik Bitkiler ve Uygulama Alanları (Gen Çıkarma)
Özet
Lütfen Login yada Register gizli linkleri görebilmek için

Rıdvan

Yıldız Teknik Üniversitesi'nde Doktora yapmakta.

Genlerden Genomlara (DNA Teknolojisinin Uygulamaları ve Kavramları)” için 2 yorum

  • 25 Ekim 2012 tarihinde, saat 00:54
    Permalink

    arkadaş sen neyin peşindesin ya güzel işler yapıyorsan adam gibi yap bu ne be tüm linkler kırık… kitap reklamı mı yapıyorsun ne anlamadım gittiii

    Yanıtla
    • 25 Ekim 2012 tarihinde, saat 10:24
      Permalink

      okumayı biliyorsan ha bir de ingilizce biliyorsan bu kitabı nerde bulacağını bilirsin. yoksa banane sanane?

      Yanıtla

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir