Elektroforez ve nükleik asit jel elektroforezi

Elektroforez; çözeltideki iyonların elektrik akımının tesiri ile meydana gelen hareketlerini tanımlamak için kullanılan bir terimdir. Elektriksel alan içerisindeki göç; elektrik akımının şiddetine, net yüke, molekülün şekline, solüsyonun iyonik gücüne, viskozitesine ve sıcaklığına bağlıdır.

Göç hızı, protein molekülü üzerindeki yükün büyüklüğü ile doğru orantılıdır. İyonik bileşiklerin iyonlaşması, elektorforezin temelini oluşturur. Zıt yükteki elektrotlara doğru farklı hızlarda hareket eden değişik yükteki iyonlar elektriksel alanda birbirinden ayrılırlar.

Elektroforez, ayrılması istenen iyonları ihtiva eden bir çözelti ile kağıt, nişasta agar, selüloz asetat zarı gibi inert bir taşıyıcı materyalin teşkil ettiği bir sistemde de yapılabilir.

Elektroforezde nükleik asitler boy ve konformasyonlarına göre yürür. Denature edici olmayan (native) ortamda DNA ve RNA daha ziyade konformasyonlarına bağlı olarak yürür. Denature edici ortamda ise bu moleküller ikincil yapı oluşturamayacakları için moleküler ağırlıklarına göre yürürler.

Agaroz jel elektroforeziyle DNA fragmentleri boyutlarına göre ayrılırlar. DNA parçaları büyüklükleriyle ters orantılı olarak jel üzerinde hareket ederler. Çünkü büyük DNA dizilerinin jel içerisindeki boşluklarda daha çok oyalanır.

Agaroz konsantrasyonun çok olması, jeldeki gözeneklerin küçülmesine sebep olacağı için, işlemin daha küçük DNA moleküllerinin karışımlarını ayıracak şekilde hassas olmasını sağlar.

Kaynaklar:
1-György Makro-Varga, 2004, Proteomics principles and Challenges, Pure Appl.Chem.

Bir Cevap Yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir